Позволяет ли система формировать отчетность поквартально, при том, что границы кварталов не будут совпадать с календарными?
Да, это возможно. Для задания периода, за который формируется отчетность, в системе используется справочник Периоды. Для каждого из элементов данного справочника можно указать произвольные даты начала. Так, например, период с названием "1 квартал 2007 финансового года" может начинаться 01.10.2007 и заканчиваться 01.01.2008.