Можно ли в программе учитывать операции с тарой?

Да. В "1С:Бухгалтерии 8" автоматизированы операции по учету возвратной многооборотной тары как собственной (которая отдается покупателю и которую он должен вернуть), так и несобственной (которая в дальнейшем должна быть возвращена поставщику). Учтена специфика налогообложения таких операций и расчетов с поставщиками и покупателями.