Можно ли оформить отгрузку ТМЦ в том случае, если фактически они уже поступили на склад, а документально еще не оформлены?

Да это возможно. Для этих целей используется работа с ордерным складом.

Для оформления фактической поставки используется документ Приходный ордер на товары, а после поступления финансовых документов на его основании оформляется документ Поступление товаров и услуг. Товар может быть отгружен до момента оформления финансового документа. После оформления финансового документа, стоимость списания товара будет скорректирована.

Более подробно о порядке выполнения данной операции можно прочитать в книге Описание конфигурации, которая входит в поставку программного продукта.