• В настройках отчета установите в группе настроек Отборы следующий вариант отбора:
• Количество (в базовых единицах) (кон. ост.) Меньше 0 (нуля)
• В качестве показателей отчета оставьте только показатель Количество в базовых единицах - Конечный остаток.
• Будут показаны только те позиции номенклатуры, у которых имеется отрицательный остаток на дату, указанную в качестве даты окончания отчета.

В настройках отчета можно установить флаг Отрицательное красным и тогда количественные показатели будут отмечены красным цветом.